Хотя мышь - и важное устройство ввода данных для приложений, не каждый пользователь обязательно имеет мышь. Прикладная программа может выяснить, включает ли в себя система мышь, передавая значение SM_MOUSEPRESENT в функцию GetSystemMetrics.

Windows поддерживает мышь, имеющую до трех кнопок. У трехкнопочной мыши, кнопки определяются как левая, средняя и правая. Сообщения и именованные константы, связанные с кнопками мыши, используют буквы L, М и R, чтобы идентифицировать кнопки. Кнопка у однокнопочной мыши рассматривается, как левая кнопка. Хотя Windows поддерживает мышь с несколькими кнопками, большинство программ прежде всего используют левую кнопку, а другие минимально, или вообще не используют.

Начиная с Windows 98 и Microsoft Windows NT ® 4.0, прикладные программы могут также поддерживать и колесико мыши (mouse wheel). Колесико мыши может нажиматься или вращаться. Когда колесико мыши нажимается, оно действует как средняя (третья) кнопка, отправляя обычные для средней кнопки сообщения в ваше приложение. Когда оно вращается, сообщение колесика отправляется в ваше приложение. Дополнительную информацию, см. в статье Колесико мыши.

Начинаясь с Windows 2000, приложения могут поддерживать отдающие команды программе кнопки. Эти кнопки, называемые  X-кнопки (X button), разработаны, чтобы обеспечить более легкий доступ к браузеру Интернета, электронной почте и службам аудио- и видеоинформации (media). Когда  X-кнопка нажимается, в вашу прикладную программу отправляется сообщение WM_APPCOMMAND. Дополнительную информацию, см. в описании сообщения WM_APPCOMMAND.

Приложение может выяснить число кнопок у мыши, передавая значение SM_CMOUSEBUTTONS в функцию GetSystemMetrics. Чтобы сконфигурировать мышь для пользователя - левши, программа может использовать функцию SwapMouseButton, чтобы изменить на противоположное предназначение левой и правой кнопок мыши. Передача значения SPI_SETMOUSEBUTTONSWAP в функцию SystemParametersInfo - еще один способ изменить на противоположное предназначение кнопок.